морфофонологија (енгл. morphophonology, фр. morphophonologie, терминолошка сливеница настала спајањем назива морфологија и фонологија: morphology + phonology) део науке о језику који се бави фонолошком структуром морфема и који проучава понашање фонема у творби или у промени облика речи (деклинацији, конјугацији, компарацији). Бави се анализом и класификацијом фонолошких чинилаца који утичу на појаву морфема, односно граматичких чинилаца који утичу на појаву фонема. У европској традицији употребљава се и термин морфонологија, док се у америчкој традицији користи термин морфофонематика (morphophonemics). Предмет морфофонологије јесу гласовне алтернације и гласовне промене, које могу бити фонолошки условљене, тј. условљене природом гласова, као нпр.: једначење сугласника по звучности, једначење сугласника по месту творбе, губљење сугласника, асимилација и сажимање самогласника или морфолошки условљене алтернације, које се јављају у одређеним морфолошким или творбеним категоријама и последица су промена које су се догодиле у ранијим фазама историје српског језика, а какве су нпр.: палатализација, сибиларизација, јотовање, промена Л у О, непостојано А, преглас и превој вокала.